В августе 1941 года «Яков Свердлов» принял участие в Таллинском переходе — прорыве группы советских кораблей из Таллина в Кронштадт. Эсминец в числе нескольких других кораблей отвечал за эвакуацию защитников Таллина. Во время перехода «Яков Свердлов» в сопровождении крейсера Киров» подорвался на мине и затонул.